Chromosome or group specific LD heatmaps

If you work on genomics, chances are you have to create an LD heatmap figure sooner or later. I am sure you have used the R package LDheatmap or have thought of using it at some point. The only problem is that despite being a sweet (not necessarily fast) program, it does have its limitations. The biggest one being production of publication-worthy graphics.

To give you an example, look at the following LD heatmap it produced with my mock data. My mock data has 7 chromosomes with 10 markers on each chromosome.

Here is the input data in Excel format.

Continue reading

Advertisements

निमारोमा किरो

 

हामीले दैनिक खाँदै आएका फलहरुमध्ये निमारो फल सम्भवत: सबैभन्दा अनौठो फल हो। किनभने, यो फलले आफू एक वयस्क फल बन्नुभन्दा अगाडि (पाक्ने बेलासम्म भन्या) र खासमा बन्नैका लागि किरा ‘खाएको’ हुन्छ। सुनेर अचम्म लाग्ला तर हरेक वर्ष निमारोले यही गर्ने गर्दछ। यसको अर्थ के हामीले पनि निमारो खाँदा किरा खान्छौँ त भन्ने प्रश्न उठ्ला। उत्तर यो लेखमा।

Continue reading

काठमाडौँवासी पृथ्वीनारायण शाह

पृथ्वीनारायण शाहले काठमाडौँ जित्न चाहनु पछाडि धेरैका धेरै बतासे सिद्धान्तहरु सुन्न पाइन्छ। कोही भन्छन उनले नेपाल राज्यलाई एक ढिका पार्न यसो गरेका हुन्। अरु भन्छन क्षत्रीय रगत उम्लेर के गरुँ के गरुँ भएर वरपरका सबै राज्य जित्न निस्केका हुन्। कोही त के पनि भन्छन भने यी ठेट पहाडका तागाधारी पुरुष भएकाले उपत्यकामा जनजाति राजाहरुले मोजमस्ती गरेर बसेको देख्न नसकी डाढले नै युद्ध गरेका हुन्। अब ल्वाँदहरुको मुख त थुन्न सकिन्न तर खास कारण भने अर्कै रहेछ। हालसालै प्रकाशमा आएको alternate reality मा आधारित उनको कान्तिपुर विजयबारे मेरा तुच्छ शब्दहरु यहाँ प्रस्तुत गर्न चाहन्छु।

xxx

ससुराले फेरि पनि स्वास्नी घर लान दिएनन्। लौ फसाद।

जुँगाको रेखी आधा हो आधा हैन हुँदै बिहे गरेका थिए गोरखाका युवराज पृथ्वीले, जो डाँडाघरे पिर्थि भनेर दौँतरीमाझ प्रिय थिए। अग्लो ज्यान, फराकिलो दारका पृथ्वी लुरे भएपनि अनुहारमा ओज प्रशस्तै झल्किन्थ्यो। दश डाँडा, चौध भञ्ज्याङ अढाइ दिनमै भ्याएर साँझ मक्वानपुर गढीको ससुराली आँगन टेकेका थिए। भोकले चूर, त्यसमाथि जहानसँग एउटै झुलमुनि सिरकमा गुँडुल्किन पाइने कल्पनाले ज्यानमा ल्याएको हर्मोनको बाढी। तर निहुँ खोज्दै ससुराले छोरी यो पटक पनि घर पठाउन्नँ भने।

Continue reading

घाँसको सुवास

मान्छेको हात, जीऊ काट्ने हो भने त्यो रुन्छ। तर विरुवाको काट्दा विरुवा रुन्छ त?

सुनसान जंगलमा रूख ढल्दा आवाज आउँछ कि आउँदैन भन्ने प्रश्न जस्तै होला यो प्रश्न पनि।

विरुवा काट्दा निज रोएपनि नरोएपनि विरुवाले गरिरहेका कृयाकलापहरु अनौठा हुन्छन। कसरी र किन गर्छन भन्नेबारे एउटा झारपात लेख यो।

घाँस तथा स्याउला काटेको अनुभव भएका हामी धेरैलाई थाहा छ, घाँस काट्दा एउटा बहुतै मीठो सुवास नाकभित्र छिर्छ। घाँस काटेका तुलनामा रूखबाट स्याउला झार्दा यो वासना शायद अलि कम होला, तर वासना त हुन्छ नै। अझ सिमसिम पानी पर्दाखेरी काट्या छ भने त ओहोहोहो! त्यो वासनाले पूरै इलाका सुगन्धित बनाउँदछ। [[स्याउलाको ठूलै भारी बोक्न पर्‍या छ भने त्यो सुवाससँग हाइहेलो गर्दै, बोझ बिर्सँदै पाखाबाट घरसम्म आउँथे म।]] घाँस-रुख-विरुवाले काटिँदा उत्पादन गर्ने यो मीठो वासना के हो? र किन त?

Continue reading

थ्योरी अफ चाकोटिभिटी

 

आइएस्सी दोश्रो वर्षको कुरा हुनुपर्छ, चावहिलले भन्यो – निउटन गलत थियो।

निउटनको गुरुत्वाकर्षणलाई चुनौति दिँदै संसारभरका सयौँ, शायद हजारौँ, ले आ-आफ्ना विचार र तर्क प्रस्तुत गरेका छन। हाम्रै नेपाली वैज्ञानिकहरुले पनि गरेका छन। निचोरे ओठबाट दूध निस्कने उमेरका बालख हुन या कपाल आधा फूलेका प्रौढहरु, बेलाबेलामा निउटनलाई हाँक दिएर पत्रिकामा छापिइरहन्छन। हामीलाई मनोरञ्जन दिइरनहन्छन। जय होस् यिनको।

(हरेक वैज्ञानिक शोध, निष्कर्ष, तर्क आदिलाई चुनौति दिन पाइन्छ। चुनौति सफल भएमा पहिलेदेखि मानी आएका नियमहरु फेरिन्छन पनि। लडकीको उमेरजस्तो थोडी हो र नफेरिने…! )

त कुरा के भने, निउटनलाई चुनौति दिने शूरवीर खुद हाम्रै कक्षामा रहेछ; डेढ वर्षसम्म पत्तै पाइएन।

Continue reading

मरेका मान्छेको माया लाग्दैन

 

बुखेनवाल्ड यातना केन्द्र

बुखेनवाल्ड यातना केन्द्र

कसैको कतै मृत्यु भएमा सामाजिक सञ्जालमा RIP (rest in peace) सन्देशहरु बगरमा बालुवाको संख्या भन्दा धेरै देखिन थाल्छन। मरेका मान्छेसँग नाता नभए पनि, कतैबाट केही चिनापर्ची नभएपनि केवल ‘मानवताका नाममा’ समवेदनाहरु पोखिन्छन। मलाई यस्ता समवेदनाहरु सस्ता लाग्छन। कृत्रिम लाग्छन। र मलाई थाहा छ, यो विचार बोक्ने म एक्लो हैन। अल्पमतमा परूँला, तर एक्लो चाहिँ पक्कै हैन।

कोही एक मान्छे हुँदैमा र त्यो एक मान्छे मर्दैमा त्यो अज्ञात मान्छेप्रति सहानुभूति राख्नैपर्छ भन्ने मलाई लाग्दैन। हुन त मान्छेले मान्छेप्रति ‘मानवता’ देखाउनुका पछाडि हाम्रो (मानव जातिको) दुःख-संघर्षको इतिहास प्रमुख कारण हो भनिन्छ। खास कारण के हो आफ्नै ठाउँमा होला, तर मरेका मान्छेप्रति देखाइने माया, सद्भाव, आदर साह्रै अप्राकृतिक लाग्छन। किनभने यी ‘हृदयदेखि उम्रेका सद्भावका टुसा’ अरु बेला – भन्नाले अरु प्राणीको दु:खमा – ज्यादै कम मात्र देखिन्छन। कसैले सोध्दैन थालमा मगमगाउँदो मासको दाल पछाडिको कथा; कसैलाई वास्ता छैन कुकरमा सिठ्ठी हानिरहेको खसीको आँसु; र कसैले बुझ्ने प्रयास गर्दैन त्यो १० डल्ला मःमः का यात्रा-वृत्तान्त।

Continue reading

मालिकको स्वागत गर्नुपर्छ

हाम्रो गाउँमा माओवादी द्वन्द्वको प्रत्यक्ष असर खासै परेन। गाउँमा माओवादी आएर लुटपाट गरेनन्। स्कूलमा बुर्जुवा शिक्षा नपढाओ भनेर कहिल्यै भनेनन्। स्कूलबाट ठिटाठिटीहरुलाई आफ्नो सेनामा भर्ती गर्न भनेर अपहरण वा बलजफ्ती पनि गरेनन्। घरका खसीबाख्रा वनतिर घिसारिएनन्। चन्दा चाहिँ मागे। सक्नेले दिए, नसक्नेले बाँकी रहेको ज्यान कहिले जाने हो भन्दै दिन गने (होलान)। तर प्रत्यक्ष असर खासै परेन।

तर प्रत्यक्ष असर गाउँमा नपर्दैमा सुरक्षित महसुस गरियो भनेर पनि भनेको हैन। पुलिसको गस्ती र सेनाले गरेको घर खानतलासीले तनाव दिन्थ्यो। राति पिसाब च्यापेर मुत्न उठेका सरलाई जेलमा थुनियो रे भनेर भोलिपल्ट सुन्दाको खबर; वनमा आगो बल्दा नि लौ गोली ताक्ने हुन कि अब भन्ने त्रास; केही नयाँ मान्छे देख्दा कान ठाडो हुने… यी यावत कुरा अरुले झैँ भोगियो। तर कुटाकुट र मारामार भएन; यो हिसाबमा द्वन्द्वले पोलिहालेन। तर यति मरे र उति मरे भन्ने खबर सुन्दा डर पलाउँथ्यो। मैनापोखरीमा घटना घटाएपछि त लौ अब ठूलो घटना घट्न दाङ, अछाम, रोल्पा नै नचाहिने रहेछ, यहाँ राजधानी नजिकैको काभ्रे भए पनि हुने रहेछ ज्यानमाराहरुलाई… भन्ने सोचेर डर त्यसै त्यसै बढ्थ्यो।

Continue reading